Laŭ PMEG ne estas multaj reguloj. Mi sugestas uzi ĝin antaŭ la aferon, kiun ĝi koncernas. Tio, laŭ mi estas la regulo, eĉ kiam ankaŭ troviĝas ĉe fino.
ankaŭ fine de frazo uzeblas kiam estas subkomprenata frazo, kiu sekvus, kiun oni ne volas ripeti aŭ kiu estas tute evidenta. Ĝi plu staras antaŭ la koncerna afero (eliziita). Ekzemple (el Tekstaro):
La vizaĝon de Nikola mi memoras, lian frazon ankaŭ [memoras mi].
Mi kvietiĝis, la knabo ankaŭ [kvietiĝis].
Oni povas uzi ĝin fine ankaŭ kiam ĝi fakte rilatas pli tamen ol ankaŭ. Tio okazas kiam estas neado en la koncerna afero. Via unua supra frazo montras tion:
Se ŝi ne permesas, li iras ankaŭ.
aŭ
Se ŝi ne permesas [akompani/iri] li tamen iras.
En aliaj okazoj mi rekomendas sekvi la regulon, meti ĝin ĉiam antaŭ la koncernan aferon. Kial? Ĉar tio estas kohera kaj do komprenebla de ĉiuj (mislokita ankaŭ kelkfoje spegulas uzadon en la denaskaj lingvoj kaj do estas tuj komprenebla nur de tiuj lingvanoj).
ankaŭ Eva manĝis en la ĝardeno.
Tio signifas ke iu(j) manĝis en la ĝardeno, kaj Eva akompanis tiu(j)n.
Eva ankaŭ manĝis en la ĝardeno.
Eva faris ion alian en la ĝardeno, eble ludi, diskuti,... kaj ankaŭ manĝi
Eva manĝis ankaŭ en la ĝardeno.
Ŝi manĝas en pluraj ejoj, ankaŭ en la la ĝardeno
Eva manĝis en la ĝardeno ankaŭ.
Por mi, tiu lasta frazo, izolita, estas evitinda.